هیأت امناء عالی ترین رکن مؤسسه می باشد که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت های امنای دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ۶۷/۱۲/۹ و 67/12/23 شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی (مصوب مورخ 69/10/18 مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.

اعضای هیأت امنا بر اساس استقلال دانشگاه‌ها و قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی عبارتند از: وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، رئیس دانشگاه، ۴ تا ۶ تن از شخصیت‌های علمی و فرهنگی یا اجتماعی کشور که نقش مؤثری در توسعه و گسترش دانشگاه داشته باشند و رئیس یا نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی.
 

اهم وظایف و اختیارات هیأت امناء :

تصویب آیین‌نامه‌های داخلی هیأت امنا، سازمان اداری و تشکیلات دانشگاه و مقررات استخدامی اعضای هیأت علمی، بودجه پیشنهادی، بودجه تفصیلی حساب‌ها و ترازنامه سالانه دانشگاه، نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن، تعیین و نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی، کارگاهی، بهداشتی و درمانی، میزان پرداخت حق‌التحقیق، حق‌التألیف و نظایر آن، پیشنهاد میزان فوق‌العاده‌های اعضای هیأت علمی و غیر هیأت علمی و بررسی گزارش دانشگاه که از طرف ریاست دانشگاه ارائه می‌گردد.

موضوعات پیشنهادی قبل از طرح در هیأت امنا، در کمیسیون دائمی مرکب از رئیس دانشگاه، یک تن از معاونان یا مشاوران وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، یک تن از متخصصان و صاحبنظران، نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی و معاون اداری و مالی دانشگاه موردبررسی کارشناسی و تخصصی قرار می‌گیرد.
 

اعضای هیأت امناء :
 

اعضای حقوقی
 دکتر منصور غلامیوزیر علوم، تحقیقات و فناوری و رئیس هیات امنا
 دکتر عبدالرضا باقریمشاور وزیر و رئیس مرکز هیات‌های امنا و هیات‌های ممیزه
 دکتر مجتبی صدیقیمعاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان و رئیس کمیسیون دائمی هیات امنا
 دکتر غلامرضا گرائی نژادمدیر کل دفتر برنامه ریزی فرهنگی و آموزشی سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور
 دکتر هوشنگ طالبیرئیس دانشگاه اصفهان و دبیر هیات امناء
 دکتر امیرحسین علی بیگیرئیس مرکز آموزش عالی شهرضا
دکتر داود میرزائیرئیس دانشکده ریاضی و کامپیوتر خوانسار
اعضای حقیقی
 دکتر رسول زرگرپوراستاندار سابق اصفهان
 دکتر حسین دهقانیوزیر سابق دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح
آیت‌ا…سیدیوسف طباطبائی نژادنماینده ولی فقیه و امام جمعه اصفهان
دکتر مهدی کرباسیانمعاون وزیر صنعت، معدن و تجارت
مهندس حمیدرضا فولادگرنماینده مردم اصفهان در مجلس شورای اسلامی
دکتر علیرضا فیروزعضو هیات علمی دانشگاه اصفهان

اسامی اعضای دوره ششم کمیسیون دائمی هیات امنای دانشگاه اصفهان اعضای حقوقی: 
 ۱- آقای دکتر مجتبی صدیقی؛ معاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و رئیس کمیسیون۲- آقای دکتر هوشنگ طالبی؛ رئیس دانشگاه اصفهان و دبیر کمیسیون۳- آقای دکتر عبدالرضا باقری؛ مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات‌های امناء و هیات‌های ممیزه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری۴- آقای دکتر شهاب کسکه؛ عضو هیات علمی و معاون مرکز هیات‌های امناء و هیات‌های ممیزه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری۵- آقای دکتر  داود میرزائی ؛ رئیس دانشکده ریاضی و کامپیوتر خوانسار اعضای حقیقی:
 1- آقای دکتر علیرضا فیروز؛ عضو هیات علمی دانشگاه اصفهان و عضو کمیسیون۲- آقای دکتر ولی­اله میرخانی؛ عضو هیات علمی دانشگاه اصفهان و عضو کمیسیون۳- آقای دکتر محمدرضا ایروانی؛ عضو هیات علمی دانشگاه اصفهان و عضو کمیسیون

دانشگاههای عضو هیأت امنا
 

 دانشگاه اصفهان

 مرکز آموزش عالی شهرضا

دانشکده ریاضی و کامپیوتر خوانسار